Desinfecção
O objetivo da desinfecção é destruir os microrganismos potencialmente perigosos a quem vai consumir a água. Grande parte dos microrganismos não são retidos pelos filtros adotados para remoção de material particulado, assim, há a necessidade de sanear a água.
Os processos mais comuns de sanitização da água de chuva são: cloração, ultravioleta e ozonização.
Considerada peça fundamental no tratamento da água de chuva após a armazenagem, a cloração usa o produto químico cloro, podendo ele ser seco, líquido ou gasoso. Normalmente em sistemas residenciais aconselha-se o uso de cloro em pastilhas (seco). A grande vantagem de usar cloro na desinfecção da água é que ele deixa um residual protegendo-a de contaminações futuras. Ele pode ser facilmente removido da água com uma simples filtração por carvão ativado. É importante mencionar que o uso de cloro deve ser recomendado pelo fabricante do equipamento de tratamento. O fabricante deve indicar o produto adequado para a sua aplicação. O cloro utilizado em piscinas normalmente é mais agressivo e a água não ficará potável. Além disto, a cloração deve ser a última etapa do tratamento, já que o cloro na presença de matéria orgânica pode gerar subprodutos indesejáveis.
A luz ultravioleta é um método comum dentro da indústria e que vem ganhando espaço em sistemas residenciais. O sistema de ultravioleta emite uma luz, cujo comprimento de onda específico é responsável por quebrar o DNA de microrganismos, impedindo-os de se reproduzirem. Um ponto importante a ser mencionado é que a luz ultravioleta é mais eficiente quando a água já foi totalmente tratada e ainda não recebeu dosagem de cloro. Qualquer sedimento na água pode absorver a luz, impedindo-a de agir sobre os patógenos presentes na água. Por isto a filtração é tão importante antes de aplicar a UV sobre a água. A luz UV é prejudicial quando aplicada diretamente sobre uma pessoa, portanto utilize sistemas aprovados e de boa procedência.
Ozonização
A ozonização sanitiza a água através da injeção do gás ozônio na água. Normalmente é aplicado no momento em que a água será distribuída ou mesmo antes de armazená-la. A grande vantagem do uso de ozônio é seu grande poder de oxidação, eliminando assim a grande maioria de contaminantes, porém sua vida é muito curta, perdendo a efetividade, em média, em até 30 minutos.
O ozônio pode ser produzido através do ar atmosférico, porém o mesmo deve conter algum dispositivo para remoção da umidade. A umidade pode facilitar a formação do ácido nítrico e reduzir a vida útil do aparelho.
A remineralização é executada através do uso de tanque de contato que contém minerais específicos com lenta dissolução na água. Ela é importante pois neutraliza o pH, que é ácido, além de adicionar cálcio, magnésio, bicarbonato, sulfato e outros compostos à água. A água com baixa concentração de minerais é altamente corrosiva, podendo danificar equipamentos metálicos e favorecer a liberação de cobre ou chumbo. Além disto, deficiência de sais específicos pode causar riscos à saúde humana. A OMS recomenda a concentração de 10 mg/l de Magnésio e 30 mg/l de cálcio na água potável.